Dana Scully (Gillian Anderson) e Fox Mulder (David Duchovny), dois agentes do FBI investigam casos não solucionados, estranhos e inexplicáveis que envolvem fenômenos paranormais.
A agente especial Dana Scully é designada para trabalhar com o agente especial Fox Mulder, validando o trabalho dele em um projeto especial chamado “Arquivo X”, que reúne os casos não resolvidos do FBI.
Mulder e Scully vão para a base da Força Aérea em Ellens para investigar o caso misterioso de um piloto de testes militar que desapareceu depois de apresentar um comportamento estranho e psicótico.
Um dos amigos de Scully, da época em que ela fazia a academia do FBI, pede sua ajuda na investigação de estranhos casos de assassinato, em que as vítimas tiveram seus fígados arrancados.
O caso de uma menina que desaparece do trailer onde mora com sua família faz com que Mulder acredite que ela tenha sido raptada por alienígenas, tal como aconteceu com sua irmã Samantha.
Os agentes investigam a morte de Roger Crockett, um homem desabrigado, que foi atacado e devorado numa floresta.
Mulder e Scully investigam estranhos assassinatos cometidos por uma força invisível que protege uma jovem.
Um computador descontrolado começa a matar pessoas, para preservar sua própria existência.
Mulder e Scully, juntamente com um pequeno grupo, ficam presos no Ártico depois das inesperadas mortes dos membros de uma equipe de pesquisadores que trabalhava na região.
Mulder e Scully são contatados por um especialista em comunicações da NASA, que mostra para eles evidências de uma sabotagem em um programa espacial.
Uma nave não identificada cai na cidade de Townsend, Wisconsin, fazendo com que o governo coloque a área em quarentena.
Dos homens, cada um morando em um canto do país, são encontrados mortos no mesmo dia em seus quintais, sem nenhuma gota de sangue nos corpos.
Mulder e Scully unem forças com um inspetor da Scotland Yard, quando um homem com poderes pirotécnicos assusta membros da aristocracia britânica.
Scully acredita nas premonições psíquicas de um condenado à morte, que parecem ser a única esperança para que os agentes consigam prender um perigoso assassino.
Um membro de uma seita religiosa capaz de mudar de sexo se torna o principal suspeito em uma onda de assassinatos.
O espírito de um perigoso criminoso se apossa de um agente do FBI, que já foi namorado de Scully.
Um criminoso que teria morrido na prisão anos antes inicia uma vingança contra Mulder.
Mulder e Scully se tornam o alvo de uma campanha de difamação quando tentam investigar o transporte secreto de uma forma de vida alienígena realizado pelo governo.
Os agentes investigam uma paróquia liderada por um homem cujo filho possui o poder de curar – ou matar – com um simples toque de sua mão.
Os agentes procuram uma criatura semelhante a um lobo, descrita em uma lenda dos nativos americanos.
Um grupo de lenhadores trabalhando em uma floresta remota desenterra milhares de criaturas mortais semelhantes a insetos que paralisam suas vítimas e depois tecem seus casulos ao redor delas.
Eugene Tooms, que Mulder ajudou a colocar na prisão, é libertado em condicional.
Uma garotinha de oito anos é a principal suspeita de uma série de mortes bizarras e aparentemente não correlacionadas.
Quando importantes cientistas de um laboratório de pesquisas aeronáuticas morrem em circunstâncias misteriosas, os agentes suspeitam que um zelador mentalmente perturbado possa de alguma forma ser o culpado.
Garganta Profunda dá informações a Mulder sobre um caso extremamente importante que envolve um fugitivo desaparecido e a clonagem de vírus extraterrestres.
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